Za vrijeme Prvog svjetskoga rata Tončić skriva etnografsku zbirku po kućama domoljuba i u današnju zgradu Galerije umjetnina, jer je vlada u Beču htjela predmete preseliti u Graz. Nakon rata ponovo se vraća u zgradu Zanatske škole, a 1919. godine u zgradu Poljoprivredne škole, blizu Arheološkog muzeja. Tu se uređuje drugi stalni postav, koji je, iako u većem prostoru, opet zgusnut i natrpan predmetima.
Sada se već sakupljaju predmeti iz svih južnoslavenskih područja, te Muzej postaje regionalni. Godine 1923. Grad preuzima Muzej od Tončića, počinje ga financirati, a Tončića postavlja za direktora.
Već slijedeće, 1924. godine Muzej dobiva novu zgradu i to staru Vijećnicu na Narodnome trgu. Službeno utemeljenje i Pravilnik prihvaćeni su u općini tek 1927. godine. U toj zgradi postavljen je treći stalni postav.
Počevši od sredine dvadesetih godina iz Muzeja je počelo izdvajanje umjetničkih slika i ostalih umjetničkih djela, da bi 1931. godine bila osnovana Galerija umjetnina i smještena u zgradu u Lovretskoj ulici br. 11.
1934. godine promijenjen je četvrti stalni postav, koji traje do II. svjetskoga rata. Fotografije stalnog postava nakon 1931. godine svjedoče o pretrpanosti prostora, kakvu Tončić opisuje i 1913. godine u prostorijama Škole. Vitrine, koje je sam projektirao, bile su prepune predmeta od čijih se detalja nije vidjela cjelina.
Drugi svjetski rat je ponovo doveo u opasnost muzejsku građu jer ju je tadašnja vlast htjela premjestiti u Rim. Međutim, Tončić je odugovlačenjem i stalnim premještanjem i to izbjegao, te je zbirku u cjelini sačuvao.